新疆的主要河流
塔里木河：国内最长的内陆河，虽然河流再没流到其它省分，但并没防碍它成为中国最长的内陆河。河有三源，分别是源于北部天山山脉流来的阿克苏河，和从西南与正南源于喀拉昆仑山流来的叶尔羌河与和田河。最终结束于大西海水库。从最长的支流叶尔羌河算起，全长约公里。
额尔齐斯河：我国唯一一条流入北冰洋的河流。全长公里，源于阿勒泰山脉的积雪，在我国境内公里。后经哈萨克斯坦和俄罗斯流入北冰洋。年径流量多达亿立方米、水量仅次于伊犁河居新疆第二位。号称新疆第二大河。如今在北屯蓄水，“引额济克”和“引额济乌”，“克”和“乌”分别是克拉玛依和乌鲁木齐。目前克拉玛依的气侯温和的与绿色欧洲相比较了。
乌伦古河：流入海洋的河，位于和田县西南，喀拉昆仑山脉中的奇普恰普河，向西流入克什米尔，境外称希欧克河，在克里斯汇入印度河。最终流入印度洋。,是一条额尔齐斯河的伴行河。它们不同的是，额尔齐斯河一路向西流出国境，而乌伦古河最终流入乌伦古海，做为自己的归宿。河源有四，发源于阿尔泰山系东段南侧我国青河县内的大、小青格里河、查干河和来自蒙古国的布尔根河。全长约公里，年平均径流量10.7亿／立方米。
伊犁河：是,一条内陆河，也是一条国际河，源头有三，特克斯河、巩乃斯河和喀什河，主源为特克斯河。发源于哈萨克斯坦境内的汗腾格里主峰北坡，由西向东流，进入中国，后向北再折向西流出国境。后流入位于哈萨克斯坦的巴尔喀什湖。全长km，中国境内长约km。年径流量亿立方米，是新疆境内径流量最丰富的河流。伊犁河流域自古以来因为水草丰茂，在这个舞台上始终上演着精彩的故事。塞人、月氏人、乌孙人、突厥人，蒙古人轮番上场，上演出一幕幕悲欢离合。近代的清朝，更是与当时的沙皇帝国为这块宝地展开一番较量。值得我们庆幸的是，至近为止伊犁地区有一小半仍在我们的脚下。不幸的是，水都流向了国外。看看地图吧。原属于我们的河流，湖泊、森林、制高点。好地方都没了。
孔雀河：源于博斯滕湖。是一条非常罕见的无支流的河。流经库尔勒市区时宽阔蔚蓝，向南流至蔚犁，再向东流向罗布泊。由于六十年代于蔚犁建坝。罗布泊日见缩小，赖于它存在的楼兰，也是日见衰落，以至最后只剩下现在被称为“楼兰古城‘的残垣断壁。由开都河发源，由铁门关经过城市，大河至孔雀河止。
开都河：开都河源出天山山系的阿尔明山，上源有大、小珠勒都斯河，流淌在水草肥美的尤尔多斯盆地中，最后流入博斯滕湖，全长公里，年径流量33。8亿立方米。全国闻名的巴音布鲁克天鹅湖保护区就位于该河上游的高山盆地中。
注：据《西游记》描写，流沙河是唐高僧玄奘去西天取经，路过降服沙僧收徒之处。就是指的是开都河。流沙河还有一指：莫贺延碛流沙河
车尔臣河：发源于昆仑山北坡的木孜塔格峰，其下游段经阿克塔孜至台特玛湖。全长８４６公里，年径流量８．０３亿立方米。由于流沙的堵塞，车尔臣河在历史上曾三次被迫改道，使闻名西域的且末古城两度被风沙吞噬。目前，河东的沙漠仍以每年5至10米的速度自东向西推进，直接威胁县城的安全。且末县的存在与否，主要由车尔臣河同塔克拉玛干沙漠之间的胜负较量而决定。如果再不治沙绿化，脆弱的车尔臣河阻挡不了沙漠的进攻，两次毁于沙土的且末县随时都有可能第三次被吞噬。车尔臣河也是当年流入罗布泊三条水系之一，如今却止步于离罗布泊有二百多公里远的台特玛湖。
新疆的主要湖泊
苍茫辽阔的新疆大地上点缀着如星星一般的湖泊，据统计，大于1平方公里的天然湖泊就有个。但在过去的50年间，新疆湖泊总面积由原来的平方公里锐减至多平方公里，缩减了原先面积的一半有多。罗布泊、玛纳斯湖、台特玛湖等著名的湖泊早已相继干涸，而艾比湖等一些原来较大的湖泊，湖面萎缩的现象也正在加剧。
新疆湖泊的分布表现出明显的“两极性”，即雪山环抱的高山湖泊和浩瀚荒漠中的低地湖泊，高山湖泊多为淡水湖，低地湖泊多为咸水湖。分别构成河之起源与河之终点，分别象征着河流生命的勃发与衰竭。新疆的高山湖泊往往都是那些大山脉的“地标”。例如，阿尔泰山主峰友谊峰南坡的喀纳斯湖、阿克库勒湖(白湖)；东天山最高峰博格达峰北坡的天池；帕米尔东部最高峰慕士塔格峰西北坡的喀拉库勒湖，等等。
赛里木湖:省级旅游名胜景区，国家级风景名胜区，是新疆海拔最高、面积最大、风光秀丽的高山湖泊，又是大西洋暖湿气流最后眷顾的地方，因此有大西洋最后一滴眼泪的说法。
赛里木湖古称净海，位于博尔塔拉州博乐市境内北天山山脉中，紧邻伊犁州霍城县，湖面海拔米，东西长30公里，南北宽25公里，面积平方公里，蓄水量达亿立方米，湖水清澈透底，透明度达12米。
赛里木湖产高白鲑、凹目白鲑等冷水鱼。有天鹅及其它珍稀鸟类。
喀纳斯湖：属于高山淡水湖。位于阿尔泰山西部中山区，淡水湖，呈弯月形。是我国第二深水湖和第一深冰川堰塞湖。蓄水量53.78亿立方米，超过我国五大淡水湖中太湖、洪泽湖和巢湖的蓄水量，蓄水量位列全国第四。湖里有怪物，当地人说，它们吞云吐雾，神出鬼没。这里就是位于中国西北角的喀纳斯湖，在蒙古语中，喀纳斯意思是“美丽富饶、神秘莫测”。属于北冰洋水系（流入北冰洋的额尔齐斯河的主要支流布尔津河及哈巴河就发源于此）的喀纳斯湖，其鱼类区系也与其有关，除了哲罗鲑，还有细鳞鲑、北极茴鱼和江鳕等多种北方山地和北极复合体的冷水型淡水鱼。其美丽景色和瑞士有的一比。
博斯腾湖：属于低地淡水湖。又名巴喀刺赤海，蒙语称博斯腾尔，维吾尔语称巴格拉什库勒，古称西海。《汉书·西域传》中的“焉耆近海”、《水经注》的“敦薨浦”，均指此湖。位于巴音郭椤州博湖县天山南坡焉耆盆地的东南部，是中国最大的内陆淡水湖。东西长55公里，南北宽25公里，面积1,平方公里，湖面海拔米，平均深度9米，最深处17米。博斯腾湖水域辽阔，烟波浩淼；河道蜿蜒，芦苇丛生，荷花草怒放，禽鸣鱼跃，一派江南水乡景色，故有“西塞明珠”之美称。博湖风光瑰丽，集大漠与水乡景色于一体。湖里的鲤鱼非常鲜美。让人流连忘返。距南疆重镇库尔勒市只有60公路。博斯腾湖流出的河有一个好听的名字。叫孔雀河。从库尔勒穿行而过。将市区打扮的分外妖娆。
巴里坤湖：古称蒲类海，婆悉海。元代称巴尔库勒淖尔（淖尔是湖的意思）。位于新疆巴里坤县（哈密地区）西北18公里处，是一个高原咸水湖泊，巴里坤湖由四周自然泉水汇流注入而成。东湖碧波荡漾，西湖一片银白，湖东有大片沼泽湿地，湖周是辽阔的牧场。海拔米，四周山峦起伏，水草丰美，湖中碧波荡漾。独具迷离蜃市罩山峦的奇观。巴里坤湖多年生态环境问题逐渐恶化，湖泊面积萎缩，经过当地政府的一系列政策，现已得到逐步控制。
每当盛夏，这里湖光山色，分外迷人，牧民们游牧湖畔，毡房座座，牛羊成群，牧歌悠扬，是一处避暑旅游的好地方。巴里坤湖东西宽约12公里，南北长约20公里，湖水面积.15平方公里。湖水储量丰富的芒硝矿和盐田。
巴里坤湖周围是历来兵家屯兵，屯田之要地。
艾比湖是新疆最大的低地咸水湖，是准噶尔盆地最大的湖泊。漠西蒙古语称为艾比淖尔，艾比即向阳，淖尔即湖，艾比湖即朝阳湖。它靠近边境，也是一个“国门湖”。位于精河县城以北35公里处，西与北疆铁路精河到阿拉山口段相邻，向北行35公里，即到阿拉山口，东为甘家湖梭梭林自然保护区。博尔塔拉河、精河、奎屯河，分别从西、南、东三个方向注入艾比湖，成为湖水的主要来源。湖面呈椭圆状，面积平方公里，水深平均2-3米，湖面海拔米。由于人口增加和大规模水土开发，使艾比湖流域的主要河流奎屯河、四棵树河、古尔图河被拦截断流，精河、博尔塔拉河入湖量减少。湖滨地区荒漠化程度加剧，阿拉山口是新疆年大风日数最多的地区，一年中将近一半时间都是大风日。艾比湖成为中国西部沙尘暴主要策源地之一，直接威胁到天山北坡经济带的可持续发展和新亚欧大陆桥的安全运行。两河（精河、大河沿子河）下游节水工程和植树种草工程，使这一地区的荒漠植被得到了有限的恢复。但关键在于解决湖水补给问题，这关系到北疆能否可持续发展。
艾比湖是一个资源蕴藏丰富的湖泊。湖区中，有丰富的盐、硭硝、硫酸镁、硼、溴、碘等非金属矿藏。这里是博尔塔拉蒙古自治州重要的食盐、硭硝产地。
天山天池，地处新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州阜康市境内，是以高山湖泊为中心的自然风景区。是中国西北干旱地区典型的山岳型自然景观。在乌鲁木齐东北公里，博格达峰北坡山腰。湖面海拔米，南北长3.5公里，东西宽0.8~1.5公里，最深处米。湖滨云杉环绕，雪峰辉映，非常壮观，为著名避暑和旅游地。由天池流出的三工河为山麓阜康县农牧业主要灌溉水源。天山天池风景区以高山湖泊为中心，雪峰倒映，云杉环拥，碧水似镜，风光如画。
天池古称瑶池，传说是王母娘娘的洗脚盆。也是周穆王和西王母千里幽会的地方，一个是人间君王，一个是天上神仙，英雄美女，惺惺相惜，旖旎动人。和“巫山云雨”典故有的一拼。唐代诗人李商隐有诗云：“瑶池阿母绮窗开，黄竹歌声动地哀。八骏日行三万里，穆王何事不重来？”
乌伦古湖：又名布伦托海、大海子(相邻的吉力湖则称小海子)、福海，位于阿勒泰地区福海县境内，。位于准噶尔盆地北部，福海县城西北。“布伦托”，突厥语意为“灌木丛生”。这是新疆仅次于博斯腾湖的第二大渔业基地。由面积平方公里的吉力湖（小海子）和面积平方公里的乌伦古湖两个水域组成。发源于阿尔泰山的乌伦古河流入其中，为该湖主要水源。湖水平均深度为八米，北岸断崖，与额尔齐斯河仅距2.1公里,湖盆是由断层陷落而形成的。乌伦古湖素以“戈壁大海”和鲜美“福海鱼”而著称。湖区水质肥沃，浮游生物丰富,主要经济鱼类有：贝加尔雅罗鱼、河鲈、斜齿鳊、东方真鳊、圆腹雅罗鱼、银鲫、丁卡等,以前4种产量居多。平均年产量约吨，最多年吨，占新疆鱼产总量1/3以上。